由国务院于2004年11月底颁布、2005年3月起实施的《宗教事务条例》，是我国第一部以宪法为依据的综合性宗教行政法规，它极大地改变了以往主要靠政策管理的状态，使宗教事务逐步纳入依法管理的轨道。此后，国务院部门规章和地方性的宗教事务管理法规、规章陆续出台，初步形成了宗教事务管理的法律法规体系，有效体现了中央依法治国的方略，保证了我国宗教活动多年来能够在总体上平稳有序地进行。在这个过程中，宗教工作干部、宗教界人士与信众及社会各界都增强了法治意识，提高了依法办事的能力，逐渐习惯于遇到涉及社会公共生活规则的矛盾和纠纷要依照相关法律法规去解决。
不过10多年间，宗教领域出现许多新情况新问题，如极端主义在境外肆虐和对境内渗扰破坏、某些宗教活动场所商业化倾向加剧等，需要有新的规定加以应对；宗教事务管理工作中积累起许多成功模式，也发生过错误偏向，需要总结经验教训；宗教作为一种社会力量如何将其涉俗事务纳入社会管理系统，在我国尚处于起步阶段；《宗教事务条例》存在着某些空缺与操作性不足的问题等等。为了更好地实施党的依法管理宗教事务的方针，有关部门在广泛听取各级党政干部与宗教界意见并认真进行调查研究的基础上，数年间召开多次研讨会，反复征求意见，花大力气对《条例》加以补充修改，务必使它更能结合现实、针对问题、便于实施。习近平总书记在2016年4月全国宗教工作会议上的讲话指出：“坚持政府依法对涉及国家利益和社会公共利益的宗教事务进行管理。要提高宗教工作法治化水平，用法律规范政府管理宗教事务的行为，用法律调节渉及宗教的各种社会关系。要保护广大信教群众合法权益，深入开展法治宣传教育，教育引导广大信教群众正确认识和处理国法和教规的关系，提高法治观念。”新修订的《条例》正是以完善综合性宗教行政法规的方式，落实习近平总书记的讲话精神，把宗教工作法治化水平提到新的高度，用更加明晰、准确、周到的法规来规范政府管理行为和宗教界的活动，更有力地调节宗教关系，保护信教群众合法权益，推动我国宗教健康发展，使之更好地适应社会主义社会。
新修订的《条例》比之原《条例》，首先是在总体上更充实、更完整、更细密，规范性大大加强了。从原来的7章，扩为9章，“宗教院校”和“宗教活动”单列成章。条款从原来的48条，增为77条。字数从近六千字增至近万字。在总则第三条明确规定：“宗教事务管理坚持保护合法、制止非法、遏制极端、抵御渗透、打击犯罪的原则。”比较完整地表述了宗教管理不可或缺的重大使命，强调了政府宗教管理部门依法行政的重要性、严肃性，加大了保护宗教界正当权益的力度，健全了制止非法、遏制极端、抵御渗透、打击犯罪的各项措施。新修订的《条例》对于宗教涉及国家利益和社会公共利益的多方面事务，结合新出现的一系列重要活动，都一一做了明确规定，既不是“一管就死”，也不是“一放就乱”，而是宽严适度，合情合理。这样一来，政、教两界在处理现实问题时，都更加有法可依了。其次，新修订的《条例》将“宗教院校”单独列为一章，体现了政府对宗教界培养后起教职人才的高度重视。宗教能否适应社会主义社会，一个关键的因素是能否造就一大批政治素质强、道德品性美、宗教学识优、中华文化通的老中青相衔接的骨干队伍，并能涌现出高士大德的领袖人物。政府支持各宗教办好宗教院校，是支持宗教走中国化道路的重要引导工作，也是实现宗教团体和场所自我管理的必要条件。第三，新修订的《条例》有许多亮点，其中之一是关于临时活动地点的规定，具有比以往更大的灵活性，可以更好地满足各类信教群体的宗教需求。第三十五条规定：“信教公民有进行经常性集体宗教活动需要，尚不具备条件申请设立宗教活动场所的，由信教公民代表向县级人民政府宗教事务部门提出申请，县级人民政府宗教事务部门征求所在地宗教团体和乡级人民政府意见后，可以为其指定临时活动地点。”同时也对临时活动地点的活动进行监管、待具备条件后办理宗教活动场所的审批登记做了规定。这样的规定是积极稳健的，有利于将那些尚不够规范的宗教活动及时纳入政府管理的范围，接受政府的依法管理和引导，早日走向正规化，同时也有益于宗教关系和谐。第四，新修订的《条例》针对一些新问题、新态势做出了明确的规定。例如：第三十八条，教职人员受法律保护的活动，除已有的“主持宗教活动、举行宗教仪式、从事宗教典籍整理、进行宗教文化研究等活动”，还增加了“开展公益慈善”，鼓励宗教界人士济世助困。第四十七条、第四十八条对互联网宗教信息服务的审核手续和内容做了规定，以适应网络化时代。第七十二条针对一些宗教过度商业化的弊端做出规定：“投资、承包经营宗教活动场所或者大型露天宗教造像的，由宗教事务部门会同工商、规划、建设等部门责令改正，并没收违法所得；情节严重的，由登记管理机关吊销该宗教活动场所的登记证书，并依法追究相关人员的责任。”这有利于纠正一些地区宗教活动中出现的混乱状态。新修订《条例》的创新之处很多，兹不一一列举。
新修订的《条例》的完成颁布是在中央领导下政、教、学三界勠力协作的硕果，得来不易。相关部门和人士要认真学习领会，努力落实推行，使它在提升我国宗教工作法治化水平的事业中发挥巨大作用。
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